世宗市的行政遷都計劃由誕生之日起就已經充滿爭議，因為遷都動搖了首爾的首都歷史地位，受到當時在野的大國家黨的批評。

2007年韓國總統選舉時，曾經多次對世宗市計劃表示不滿的大國家黨總統候選人李明博在臨近選舉時，卻表示會接受既定事實，繼續推進遷都計劃。結果李明博順利當選總統，成為大力支持遷都計劃、執政十年的民主黨敗選下台的部分原因。

2009年，經濟學家出身的鄭雲燦出任國務總理，對遷都計劃猛烈抨擊，並著手進行修改。至此，李明博和鄭雲燦開始積極進行修改世宗市原案的活動，他們認為遷都會造成行政資源浪費，行政效率低下和混亂，對於地區的均衡發展和當地的生產力發展也沒有好處。

但是修改引來了強烈的反彈，一方面世宗市的各項基礎建設已經上馬，投入了大量的資金；另一方面，原來為了遷都而肯低價轉讓土地的當地民眾本來希望世宗市的建設會振興繁榮地方，計劃的取消對他們來說是沉重的打擊。忠清道民眾發展多場有數十萬人參與的示威抗議，希望維持原來的計劃。

不僅在野民主黨抵制政府提出的修正方案，執政大國家黨內部也因此出現嚴重的矛盾。當時仍然是「前總統候選人」的朴槿惠（後來當選）為首的黨內非主流派與以總統李明博為首的主流派針鋒相對。親朴派反對修改，甚至以李明博的核心政策四大江河治理事業相威脅。

2009年11月，總統李明博在電視上公開表示將堅決修改原案，並就自己當初的態度含糊對國民造成的損害向國民致歉。[10]

韓國政府在2010年1月最終決定微幅縮小世宗市行政中心城市計劃規模，建設以次要行政、教育、科學為中心的經濟城市，建造科技特區和引進高科技、綠色產業和大學等。[11]政府將推出多項優惠政策為世宗市招商引資，包括以生地價格（原估價的六分之一）提供工業用地，同時免收國稅和地方稅等。[12]據報道，各主要企業和高校仍然決定進駐世宗市。

2010年6月29日，《世宗市修訂案》遭國會否決；2010年7月29日，國務總理鄭雲燦因此辭職。

經過10年糾纏，世宗市在2012年7月1日正式成立，預計從該年9月起到2014年有36個政府部門和國營機構遷入，預計逾10,000名公務員會在當地工作。但總統府、國會、大法院和10多個重要機關（包括國防部、外交部、統一部等）仍會留在首爾。[13]

2012年9月14日起，韓國國務總理室下屬6個部門、約140多名政府職員遷往世宗市辦公。[14]